前身は、日本電子決済企画株式会社。2001年7月23日から営業を開始。電子ネットワーク決済を業務の中核とした銀行であり、融資業務がないなど、従来の銀行とは大きく異なっている。2005年11月から販売開始した投資信託（機関投資家向けのヘッジファンドを小口化した「イーバンク・ヘッジファンドe501」といったユニークな独自商品も発売）では、人気ファンドをノーロード販売、2006年12月から開始した国内最低水準の為替手数料による外貨普通預金などネット銀行の低コスト体質を生かした商品展開を行っている。これらはネット銀行では唯一黒字化を果たしたソニー銀行を意識しての対抗戦略である。

2006年国内のインターネット銀行として初めて、ビザ・インターナショナルの「プリンシパルメンバー」を取得した。これを利用し、イーバンクマネーカードを発行の受付を開始した。

2006年には法人として同社の筆頭株主（出資比率6.45％）であるGMOインターネット・GMO傘下のオリエント信販株式会社（現GMOネットカード）と同社はインターネット金融事業における関係強化を目的とした資本・業務提携を発表した。

当初、金融機関相互のネットワークである全国銀行データ通信システム（全銀ネット）に加盟していなかったため、イーバンク銀行相互以外の送金・入出金は大きく制限され、公共料金の自動振替にも使えなかった。しかし、2006年1月に全銀ネットに加盟し、それにともなって他行から同社口座を直接指定した振込ができるようになっている。全銀ネット加盟の準備として、2005年9月、支店コードに音楽に関係する支店名（例：「ジャズ支店」「ロック支店」「サンバ支店」など）が割り振られた。いわゆるインターネット銀行では国内最大の220万口座を誇り、2007年08月現在、ネット銀行最大手である。

2005年9月16日に西日本シティ銀行と包括的な業務提携を行うことで合意した。現在イーバンクは日本銀行との当座預金取引を有していないが、提携の一環として、全銀ネットにより行う同社の内国為替取引の資金決済については西日本シティ銀行へ委託している（同社平成18年3月期決算短信による）。

同社の商号における「バンク」と「銀行」の重複は、銀行法第6条の定め「銀行は、その商号中に銀行という文字を使用しなければならない。」によるものである。